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Sequenziamento di nuova generazione

Il LabMedMolGe offre un servizio di sequenziamento high-throughput del DNA, mediante i seguenti apparecchi: Illumina GAIIx, HiSeq2500, NextSeq, MiSeq e Life technologies/Ion Torrent PGM. Tale strumentazione consente di sequenziare un genoma completo in poche settimane, e frammenti di esso in pochi giorni.  I costi sono notevolmente ridotti rispetto alle  tecnologie di sequenziamento tradizionali. Le principali applicazioni del servizio di sequenziamento sono:

• Sequenziamento di DNA
  1. Sequenziamento di genomi completi
  2. Risequenziamento di regioni bersaglio
  3. Sequenziamento de novo

• Analisi del trascrittoma
  1. Sequenziamento di mRNA
  2. Sequenziamento di piccoli RNA

• Analisi di regolazione genica
  1. Chip-seq
  2. Analisi della metilazione del DNA

Tecnologie basate sugli Array 

• Espressione genica
  Il Laboratorio di Medicina Molecolare e Genomica fornisce una gamma completa di servizi di analisi dell'espressione genica, inclusi microarrays Agilent ed Illumina.
  1. Profili di espressione di RNA
  2. Espressione globale di RNA su campioni parzialmente degradati (DASL Assay)
  3. Profili di espressione di MicroRNA 

• Genotipizzazione
  1. Golden Gate Genotyping Assay 
  2. Infinium HD Assay (IScan)
  3. Vera Code Golden Gate Genotyping Assay

• Metilazione

Real-Time PCR

Il passo successivo agli esperimenti di microarray è rappresentato dalla validazione dei livelli di espressione genica mediante un'altra tecnologia. Il laboratorio di Medicina Molecolare offre la possibilità di validare tali dati mediante Real-Time PCR. 

Test di qualità degli RNA

L'analisi dell'integrità e della concentrazione dell'RNA è necessaria per tutti i campioni da utilizzare per analisi di espressione. Questi studi vengono eseguiti utilizzando tre piattaforme: NanoDrop, Bioanalyzer e Qubit. 

Supporto Bioinformatico

Il sequenziamento massivo del DNA e la piattaforma microarray, combinati con altre tecnologie high-throughput, generano un enorme quantità di dati che richiedono l’utilizzo di complessi e sofisticati database e strumenti di analisi.

Il Laboratorio di Medicina Molecolare fornisce il seguente supporto bioinformatico:

• Assistenza per la progettazione sperimentale di studi su scala genomica e high-throughput;
• Sviluppo di banche dati per archiviazione dati grezzi e processati;
• Analisi dati, incluso:
  1.  allineamento con i genomi di riferimento
  2.  predizione di nuovi elementi funzionali (miRNA, small RNA, splicing alternativi)
  3.  assemblaggio di nuovi genomi
  4.  identificazione di SNPs, InDel, variazioni strutturali e CNV
  5.  analisi di espressione differenziale.
  6.  Sviluppo di programmi custom per analisi specifiche.
  7.  Servizi di storage a medio e lungo termine.

Microscopia confocale

Il Laboratorio di Medicina Molecolare e Genomica fornisce servizi di microscopia confocale per gli utenti dipartimentali e non dipartimentali, all’interno e all’esterno del campus. In particolare, la struttura è dotata di un microscopio confocale a scansione laser - Leica TCS SP5 II.